A pesar de ser un tratamiento cuya predecibilidad ha aumentado mucho en los últimos años gracias a las nuevas tecnologías, no está exento de complicaciones, y en muchos casos no están relacionadas con una correcta ejecución del mismo.
De ninguna manera puede garantizarse su mantenimiento con el paso de los años aunque su éxito suele ser muy alto.
De vital importancia será la restauración del diente endodonciado. Una vez finalizada la endodoncia, será necesario devolver al diente su anatomía original, para lo que deberán aplicarse distintos tratamientos restauradores tales como obturaciones, colocación de pernos intrarradiculares, incrustaciones de composite o porcelana, o incluso coronas de recubrimiento total, a fin de evitar la fractura del mismo.